益生菌有助于营养物质在肠道内的消化。它能分解乳糖成为乳酸，减轻乳糖不耐症。双歧杆菌和乳酸杆菌不仅可以产生各种维生素如维生素B1、B2、B6、B12、烟酸和叶酸等以供机体所需，还能通过抑制某些维生素分解菌来保障维生素的供应。另外，双岐杆菌还可以降低血氨改善肝脏功能。
2、益生菌有整肠作用，调整微生态失调，防治腹泻
益生菌活着进入人体肠道内，通过其生长及各种代谢作用促进肠内细菌群的正常化，抑制肠内腐败物质产生，保持肠道机能的正常。对病毒和细菌性急性肠炎及痢疾，便秘等都有治疗及预防作用。益生菌和很多慢性胃炎，消化道溃疡等消化道疾病有密切的关系。一部分的益生菌能抗胃酸，粘附在胃壁上皮细胞表面，通过其代谢活动抑制幽门螺旋杆菌的生长，预防胃溃疡的发生。
3、益生菌能代谢产物产生生物拮抗，增强人体免疫力
益生菌可产生有机酸、游离脂肪酸、过氧化氢、细菌素抑制其它有害菌的生长;通过“生物夺氧”使需氧型致病菌大幅度下降，益生菌能够定殖于粘膜、皮肤等表面或细胞之间形成生物屏障，这些屏障可以阻止病原微生物的定殖，起着占位、争夺营养、互利共生或拮抗作用。并可以刺激机体的非特异性免疫功能，提高自然杀伤(NK)细胞的活性，增强肠道免疫球蛋白IgA的分泌，改善肠道的屏障功能。
4、益生菌对高血压的效果
乳酸菌产生的某些物质如γ-氨基丁酸(GABA)具有降低血压的功效。还有一部分的益生菌能特异分解乳蛋白(酪蛋白)，产生具有抑制引起血压上升的酶(血管紧张素转化酶，ACE)活性的多肽(如VPP和LPP)。常期饮用含有这种活性多肽的酸奶有防止高血压的效果。
5、益生菌有预防阴道感染的作用
不少益生菌有酸化泌尿生殖道的作用。它可以通过降低pH值来抑制有害细菌的生长。还可以通过与有害细菌竞争空间和资源而遏制它们。
6、益生菌有缓解过敏作用
过敏是一种免疫疾病，是人体内免疫功能失调出现不平衡的状况。有过敏体质的人当外来物质或生物体刺激免疫系统产生免疫球蛋白(IgE)数量过多，使其释放出一种叫组织胺的物质从而引发过敏症状。益生菌疗法是目前国内外流行辅助治疗过敏的有效方法之一。能利用益生菌调节体内免疫球蛋白(IgE)抗体，达到缓解过敏的免疫疗法。
7、益生菌能降低血清胆固醇
可能与其调节和利用内源性代谢产物并且加速短链脂肪酸代谢有关。双歧杆菌、乳杆菌的微生态制剂，服后可使胆固醇转化为人体不吸收的粪甾醇类物质。从而降低胆固醇水平。
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